Madrasah  Tsanawiyah  Negeri Batu mulai berdiri pada  tahun  2004  tepatnya sejak  awal berlangsungnya  tahun  pelajaran  2004/2005  atas  himbauan  Bapak W ali Kota dan Wakil Wali Kota Batu beserta sebagian besar  masyarakat Kota Batu. Pada saat itu madrasah milik pemerintah yang ada hanya MAN Malang II yang berlokasi di Kota Batu. Maka dicetuskanlah ide bahwa cepat atau lambat di Kota Batu perlu adanya Madrasah Terpadu yang terdiri dari MIN, MTsN dan MAN. Karena MAN sudah lama berdiri,  maka  yang  diperlukan  sekarang  adalah  saatnya  merintis  MIN  dan  MTsN sebagai jawaban atas kebutuhan masyarakat di Kota Batu. Hal ini sesuai pula dengan julukan Kota Batu sebagai Kota Pariwisata yang Religius.

Pada awal berdirinya, MTs Negeri Batu bernama : “MTs Persiapan Negeri”. Beroperasi sejak tahun pelajaran 2004/2005 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor      W ilayah      Departemen      Agama      Provinsi      Jawa      Timur      Nomor Kw.13.4/4/PP.03.2/2580/SKP/2004 Tanggal 5 November 2004 dengan Nomor Statistik Madrasah  (NSM) : 212357902135 dan terbaru : 121135790001.

Madrasah Tsanawiyah Persiapan Batu ini dikelola oleh Yayasan Pendidikan Al Ikhlas yang beralamat di jalan Sultan Agung No. 7   Telp. (0341) 512123 Kota Batu dengan pertimbangan bahwa Madrasah ini betul-betul dipersiapkan untuk menjadi MTs Negeri Kota Batu. Sedangkan MTs Negeri Batu sendiri beralamat di jalan Pronoyudo, Kelurahan Dadaprejo Kec. Junrejo Kota Batu, dimana kawasan ini secara umum merupakan daerah pegunungan dengan udara yang sejuk dan asri serta lingkungan masyarakat yang Religius dan sangat mendukung keberadaan Madrasah.

Setelah  lebih  kurang  lima  tahun  beroperasi,  dan  tentunya  setelah  melalui berbagai macam hambatan dan rintangan akhirnya pada tanggal 02 April 2009 berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 48 Tahun 2009, penetapan penegerian   madrasah   ini   diresmikan   langsung   oleh   Kepala   Kantor   W ilayah Departemen Agama Provinsi Jawa Timur dan dihadiri pula oleh W alikota Batu beserta jajarannya dalam acara Launching Penegerian MTs Negeri Batu sekaligus pelantikan Kepala Madrasah dan Kepala Urusan Tata Usaha di lokasi madrasah : Jl. Pronoyudo – Kel. Dadaprejo Kec. Junrejo Kota Batu. Dengan demikian madrasah ini resmi beralih status menjadi : Madrasah Tsanawiyah Negeri Batu di Kota Batu.

Dalam  hal  sarana  dan  prasarana  yang  dimiliki  sampai  dengan  saat  ini  MTs Negeri Batu baru memiliki 26  lokal (dua  puluh  enam  ruang  kelas),  1  ruang kelas difungsikan sebagai ruang Kepala, 1 ruang kelas difungsikan sebagai ruang TU, 2 ruang  kelas  difungsikan  sebagai  ruang  wakil  kepala  dan  guru,  1  ruang  kelas difungsikan sebagai laboratorium komputer, 1 ruang kelas difungsikan sebagai perpustakaan,  16  (empat  belas)  KM/WC  untuk  siswa  yang  semuanya  dibangun dengan dana yang diperoleh dari Bantuan Imbal Swadaya Asfi Kemenag, bantuan Pemerintah Kota Batu dan partisipasi Orang tua / Wali Murid serta dana DIPA MTs Negeri Batu yang baru diterima sejak Tahun Anggaran 2010.

Sedangkan sarana dan prasarana yang belum dimiliki sebagai penunjang berupa laboratorium  IPA,  laboratorium  Bahasa,  laboratorium  komputer,  ruang  Multimedia, ruang kesenian dan ruang olahraga sebagai pusat kegiatan siswa.

Kondisi  ini  sangat  bertolak  belakang  apabila  melihat  animo  masyarakat  yang begitu besar untuk menyekolahkan putera / puterinya di lembaga Madrasah (berdasarkan penerimaan siswa baru setiap tahunnya). Hal ini menjadi tantangan tersendiri  bagi  MTs  Negeri  Batu  untuk  meningkatkan  kualitas  dan  tidak  menjadi sekolah pilihan kedua.

Sebagai lembaga pendidikan di bawah naungan Kementerian Agama, Madrasah Tsanawiyah  Negeri Batu  senantiasa membenahi diri agar  menjadi madrasah  yang ideal sehingga mampu bersaing dengan lembaga pendidikan setingkat, apalagi untuk saat ini MTs Negeri Batu merupakan satu-satunya Madrasah Tsanawiyah Negeri yang ada di Kota Batu.

Demi mewujudkan cita-cita di atas, maka seluruh komponen yang ada senantiasa bertekad untuk selalu menyatukan visi-misi dan kekompakan, sehingga dapat tercipta suasana yang kondusif agar proses belajar mengajar berjalan sesuai dengan yang dicita-citakan bersama.