Madrasah Tsanawiyah Negeri Batu mulai berdiri pada tahun 2004 tepatnya sejak awal berlangsungnya tahun pelajaran 2004/2005 atas himbauan Bapak W ali Kota dan Wakil Wali Kota Batu beserta sebagian besar masyarakat Kota Batu. Pada saat itu madrasah milik pemerintah yang ada hanya MAN Malang II yang berlokasi di Kota Batu. Maka dicetuskanlah ide bahwa cepat atau lambat di Kota Batu perlu adanya Madrasah Terpadu yang terdiri dari MIN, MTsN dan MAN. Karena MAN sudah lama berdiri, maka yang diperlukan sekarang adalah saatnya merintis MIN dan MTsN sebagai jawaban atas kebutuhan masyarakat di Kota Batu. Hal ini sesuai pula dengan julukan Kota Batu sebagai Kota Pariwisata yang Religius.

Pada awal berdirinya, MTs Negeri Batu bernama : “MTs Persiapan Negeri”. Beroperasi sejak tahun pelajaran 2004/2005 berdasarkan Surat Keputusan Kepala Kantor W ilayah Departemen Agama Provinsi Jawa Timur Nomor Kw.13.4/4/PP.03.2/2580/SKP/2004 Tanggal 5 November 2004 dengan Nomor Statistik Madrasah (NSM) : 212357902135 dan terbaru : 121135790001.
Madrasah Tsanawiyah Persiapan Batu ini dikelola oleh Yayasan Pendidikan Al Ikhlas yang beralamat di jalan Sultan Agung No. 7 Telp. (0341) 512123 Kota Batu dengan pertimbangan bahwa Madrasah ini betul-betul dipersiapkan untuk menjadi MTs Negeri Kota Batu. Sedangkan MTs Negeri Batu sendiri beralamat di jalan Pronoyudo, Kelurahan Dadaprejo Kec. Junrejo Kota Batu, dimana kawasan ini secara umum merupakan daerah pegunungan dengan udara yang sejuk dan asri serta lingkungan masyarakat yang Religius dan sangat mendukung keberadaan Madrasah.
Setelah lebih kurang lima tahun beroperasi, dan tentunya setelah melalui berbagai macam hambatan dan rintangan akhirnya pada tanggal 02 April 2009 berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 48 Tahun 2009, penetapan penegerian madrasah ini diresmikan langsung oleh Kepala Kantor W ilayah Departemen Agama Provinsi Jawa Timur dan dihadiri pula oleh W alikota Batu beserta jajarannya dalam acara Launching Penegerian MTs Negeri Batu sekaligus pelantikan Kepala Madrasah dan Kepala Urusan Tata Usaha di lokasi madrasah : Jl. Pronoyudo – Kel. Dadaprejo Kec. Junrejo Kota Batu. Dengan demikian madrasah ini resmi beralih status menjadi : Madrasah Tsanawiyah Negeri Batu di Kota Batu.

Dalam hal sarana dan prasarana yang dimiliki sampai dengan saat ini MTs Negeri Batu baru memiliki 26 lokal (dua puluh enam ruang kelas), 1 ruang kelas difungsikan sebagai ruang Kepala, 1 ruang kelas difungsikan sebagai ruang TU, 2 ruang kelas difungsikan sebagai ruang wakil kepala dan guru, 1 ruang kelas difungsikan sebagai laboratorium komputer, 1 ruang kelas difungsikan sebagai perpustakaan, 16 (empat belas) KM/WC untuk siswa yang semuanya dibangun dengan dana yang diperoleh dari Bantuan Imbal Swadaya Asfi Kemenag, bantuan Pemerintah Kota Batu dan partisipasi Orang tua / Wali Murid serta dana DIPA MTs Negeri Batu yang baru diterima sejak Tahun Anggaran 2010.

Sedangkan sarana dan prasarana yang belum dimiliki sebagai penunjang berupa laboratorium IPA, laboratorium Bahasa, laboratorium komputer, ruang Multimedia, ruang kesenian dan ruang olahraga sebagai pusat kegiatan siswa.

Kondisi ini sangat bertolak belakang apabila melihat animo masyarakat yang begitu besar untuk menyekolahkan putera / puterinya di lembaga Madrasah (berdasarkan penerimaan siswa baru setiap tahunnya). Hal ini menjadi tantangan tersendiri bagi MTs Negeri Batu untuk meningkatkan kualitas dan tidak menjadi sekolah pilihan kedua.

Sebagai lembaga pendidikan di bawah naungan Kementerian Agama, Madrasah Tsanawiyah Negeri Batu senantiasa membenahi diri agar menjadi madrasah yang ideal sehingga mampu bersaing dengan lembaga pendidikan setingkat, apalagi untuk saat ini MTs Negeri Batu merupakan satu-satunya Madrasah Tsanawiyah Negeri yang ada di Kota Batu.

Demi mewujudkan cita-cita di atas, maka seluruh komponen yang ada senantiasa bertekad untuk selalu menyatukan visi-misi dan kekompakan, sehingga dapat tercipta suasana yang kondusif agar proses belajar mengajar berjalan sesuai dengan yang dicita-citakan bersama.